{"code":"SASDAC6","status":"Published","type_of_curve":"Single concentration","angular_unit":"1/nm","project":{"title":"The BR domain of PsrP interacts with extracellular DNA to promote bacterial aggregation; structural insights into pneumococcal biofilm formation.","publication":{"title":"The BR domain of PsrP interacts with extracellular DNA to promote bacterial aggregation; structural insights into pneumococcal biofilm formation.","author_list":"Schulte T, Mikaelsson C, Beaussart A, Kikhney A, Deshmukh M, Wolniak S, Pathak A, Ebel C, Löfling J, Fogolari F, Henriques-Normark B, Dufrêne YF, Svergun D, Nygren PÅ, Achour A","journal":"Sci Rep","doi":"10.1038/srep32371","pmid":"27582320","published_date":"2016 Sep 1"},"status":"released","submitted_date":"2015-01-15","released_date":"2016-09-08"},"pddf_data":"https://www.sasbdb.org/media/p_of_R_files/SASDAC6.out","intensities_data":"https://www.sasbdb.org/media/intensities_files/SASDAC6.dat","intensities_log_plot":"https://www.sasbdb.org/media/intensities_files/scattering_plots/SASDAC6_dat_img.png","intensities_kratky_plot":"https://www.sasbdb.org/media/intensities_files/scattering_plots/SASDAC6_kratky_img.png","pddf_plot":"https://www.sasbdb.org/media/p_of_R_files/pofr_images/SASDAC6_pofr_img.png","intensities_guinier_plot":"https://www.sasbdb.org/media/intensities_files/scattering_plots/SASDAC6_guinier_img.png","sascif_data":"https://www.sasbdb.org/media/sascif/sascif_files/SASDAC6.sascif","experiment":{"instrument":{"detector":{"type":"Dectris","name":"Pilatus 1M","resolution":172.0},"name":"ESRF","city":"Grenoble","country":"France","beamline_name":"BM29","beam_geometry":"","type_of_source":"X-ray synchrotron","point_source":null,"line_collimation":null,"sample_path_length":null,"line_collimation_slitlength":null,"line_collimation_integrationwidth":null,"xray_energy":null,"beam_profile_ah":null,"beam_profile_al":null},"sample":{"molecule":[{"long_name":"Functional binding region (187-385) of the pneumococcal serine-rich repeat protein","short_name":"PsrP BR(187-385)","sequence":"HHHHHHSGNTIVNGAPAINASLNIAKSETKVYTGEGVDSVYRVPIYYKLKVTNDGSKLTFTYTVTYVNPKTNDLGNISSM\r\nRPGYSIYNSGTSTQTMLTLGSDLGKPSGVKNYITDKNGRQVLSYNTSTMTTQGSGYTWGNGAQMNGFFAKKGYGLTSSWTVPITGTDTSFTFTPYAARTDRIGINYFNGGGKVVESSTTSQSLSQ","organism":"Streptococcus pneumoniae","uniprot_code":"A0A0H2URK1","uniprot_range_first":187,"uniprot_range_last":385,"oligomerization":"monomer","molecular_type":"protein","uniprot_sequence":"MTETVEDKVSHSITGLDILKGIVAAGAVISGTVATQTKVFTNESAVLEKTVEKTDALATN\nDTVVLGTISTSNSASSTSLSASESASTSASESASTSASTSASTSASESASTSASTSISAS\nSTVVGSQTAAATEATAKKVEEDRKKPASDYVASVTNVNLQSYAKRRKRSVDSIEQLLASI\nKNAAVFSGNTIVNGAPAINASLNIAKSETKVYTGEGVDSVYRVPIYYKLKVTNDGSKLTF\nTYTVTYVNPKTNDLGNISSMRPGYSIYNSGTSTQTMLTLGSDLGKPSGVKNYITDKNGRQ\nVLSYNTSTMTTQGSGYTWGNGAQMNGFFAKKGYGLTSSWTVPITGTDTSFTFTPYAARTD\nRIGINYFNGGGKVVESSTTSQSLSQSKSLSVSASQSASASASTSASASASTSASASASTS\nASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASAS\nASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASGSASTSTSASASTS\nASASASTSASASASISASESASTSASESASTSTSASASTSASESASTSASASASTSASAS\nASTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSAS\nVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASISAS\nESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTS\nASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASAS\nASISASESASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTS\nASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSTSAS\nASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSAS\nASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASAS\nTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASAS\nTSASASASTSASASASTSASASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTS\nASESASTSTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSAS\nASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTS\nASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTSASAS\nASTSASVSASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASIS\nASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSTSASASTSASESASTSASAS\nASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASAS\nTSASASASTSASASASTSASASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTS\nASASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTSASESASTSTSASASTSAS\nESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTS\nASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASAS\nTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSAS\nESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASAS\nTSASASASTSASGSASTSTSASASTSASASASTSASASASISASESASTSASESASTSTS\nASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTS\nASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASAS\nASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTS\nASASASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASES\nASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTS\nASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASAS\nASTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASVSASTSASASAS\nTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASESASTSTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASAS\nASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTS\nASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASES\nASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTS\nASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTSASAS\nASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTS\nASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASAS\nASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASIS\nASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSTSASASTSASESASTSASAS\nASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSAS\nESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSAS\nASASISASESASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASISASESAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSAS\nASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASAS\nTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSVSNSANHSNSQVGNTSGSTGKSQKEL\nPNTGTESSIGSVLLGVLAAVTGIGLVAKRRKRDEEE","mw":22.12,"total_mw":22.12,"number_molecules":1,"complex_state":null,"deuteration":null,"molecule_source":"biological","molecule_description":null}],"buffer":{"name":"PBS 5 % Glycerol","concentration_unit":null,"comment":"Phosphate buffered saline","additive":"Glycerol 5.000 %","concentration":null,"pka":null,"ph":7.4,"deuteration":null},"purity_method":null,"name":"PsrP functional binding region","ext_coefficient":null,"contrast":null,"specific_vol":null,"dry_vol":null,"absorbption":null,"deuteration":null,"mixture":null},"contributor":[{"affiliation":[{"short_name":"EMBL-Hamburg","address":"Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany","full_name":"European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation","webpage":"http://www.embl-hamburg.de/index.php"}],"contributor_name":"Al","contributor_surname":"Kikhney","orcid":"https://orcid.org/0000-0003-1321-3956"}],"concentration_method":null,"concentration_unit":"mg/ml","date":"2013-02-27","storage_temperature":20.0,"cell_temperature":20.0,"exposure_time":1.0,"number_of_frames":10,"wavelength":0.09919,"sample_detector_distance":2.43,"concentration_min":null,"concentration_max":2.9,"sample_volume":null,"flow_rate":null,"s_min":0.072,"s_max":4.421,"total_exposure_time":null,"seccolumn":null},"fits":[{"models":[{"model_plot":"https://www.sasbdb.org/media/pdb_file/images/SASDAC6_fit1_model1_img.png","software":"EOM/RANCH","pdb_link":[],"model_title":null,"type_of_model":"mix","software_version":"1.3","model_data":"https://www.sasbdb.org/media/pdb_file/SASDAC6_fit1_model1.pdb","model_mw":22.35,"bead_radius":1.9,"log":"https://www.sasbdb.org/media/log_files/GA001_9pahFzE.log","symmetry":"","comment":"","user":4},{"model_plot":"https://www.sasbdb.org/media/pdb_file/images/SASDAC6_fit1_model2_img.png","software":"EOM/RANCH","pdb_link":[],"model_title":null,"type_of_model":"mix","software_version":"1.4","model_data":"https://www.sasbdb.org/media/pdb_file/SASDAC6_fit1_model2.pdb","model_mw":22.35,"bead_radius":1.9,"log":null,"symmetry":"","comment":"","user":4}],"fit_unit":"1/A","fit_plot":"https://www.sasbdb.org/media/fitting_files/scattering_plots/SASDAC6_fit1_fixed_fit_img.png","software":null,"chi_square_value":0.926,"p_value":0.0,"fit_residual_plot":"fit4columns470_fitresiduals_img.png","fit_data":"https://www.sasbdb.org/media/fitting_files/SASDAC6_fit1.fit","fit_log":null,"software_version":null,"description":null}],"estimated_volume_method":null,"pddf_software":"ATSAS GNOM","pddf_software_version":"GNOM","i0_calibration_standard":"BSA","description":null,"experiment_description":null,"tags":[],"intensity_unit":null,"experimental_mw":18.0,"experimental_mw_error":null,"guinier_i0_mw":17.0,"guinier_i0_mw_error":null,"porod_mw":23.6,"porod_mw_error":null,"pddf_i0":18.64,"pddf_i0_error":null,"guinier_i0":18.511,"guinier_i0_error":null,"pddf_rg":2.11,"pddf_rg_error":null,"guinier_rg":2.039,"guinier_rg_error":null,"pddf_dmax":7.8,"pddf_dmax_error":null,"porod_volume":37.7,"porod_volume_error":null,"estimated_volume":null,"estimated_volume_error":null,"guinier_point_first":40,"guinier_point_last":108,"pddf_point_first":null,"pddf_point_last":null,"i0_calibration_standard_data":null,"intensities_log_log_plot":"SASDAC6_datloglog_img.png","symmetry":null,"last_modified":"2020-08-28T15:28:14.586213+02:00","bragg_peak":[]}